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肌肉系統的收縮反應是相同的，都是來自於鈣離子的反應，再轉至肌絲蛋白滑動機制以收縮肌纖維產生力量。
而在肌肉系統中又分為「心肌」、「平滑肌」、「骨骼肌」三種，骨骼肌可以受意志控制，而心肌、平滑肌受自主神經系統與內分泌系統控制。
| 功能 | 與運動表現的關聯 |
| 心肌收縮，推動血液到循環系統 | 運送養分至工作組織，並排除代謝產物 |
| 骨骼肌產生動作，增加能量消耗與熱量產生 | 使身體可以移動，是身體能量消耗主要來源 |
| 平滑肌收縮與放鬆，調節心血管與呼吸管道直徑 | 調整運動到工作組織的血流量與肺部供氣體交換的氣流量 |
自主神經系統反應速度較快，而內分泌系統反應時間較長。
以健身所需，要讓肌肉「變大」有兩種狀況，一者是肌纖維體積增加(muscle fiber hypertrophy)，一者是肌纖維數目增加(muscle fiber hyperplasia)。
骨骼肌是我們鍛鍊的目標，而骨骼肌又要依照代謝特性分為三種(不是紅肌白肌或快肌慢肌那麼簡單)如下表：
| 特性 | I型-慢速氧化 | IIa型-快速氧化 | IIb型-快速糖解肌 |
| 收縮程度 | 慢 | 快 | 快 |
| 耐疲勞程度 | 高 | 中 | 低 |
| 肌凝蛋白ATP水解酶活性 | 低 | 高 | 高 |
| 有氧能量產生能力 | 高 | 高 | 低 |
| 非有氧能量產生能力 | 低 | 中 | 高 |
| 肌纖維顏色 | 紅 | 紅 | 白 |
我們必須透過合理的訓練以鍛鍊每一種肌肉，以達到肌肉均衡發展及最大化提高基礎代謝率的目標。
而延遲性的肌肉痠痛是在訓練時常見的狀況，原因是過度的機械力作用於肌纖維與結締組織，並造成傷害。
該類肌肉痠痛多半在訓練後24~48小時後開始，並持續72~96小時，這症狀是肌肉細胞中蛋白毀損的細胞傷害，而引發免疫系統啟動發炎反應，刺激到傳入神經元。
肌肉痠痛在訓練中不可避免，而要快速的修復肌肉則須仰賴正確的營養補給以及攝取方式，才能將訓練後的損害降至最小，並從而將訓練效果最大化。
而常見的其他恢復方式包含冰敷(甚至是具有危險性的冰水澡)、按摩等。
表引自Jeffrey A. Potteiger 運動科學概論
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